船长组合有主船长与副船长之分。在舰队界面可以选择船长在组合中的位置，船长为主船长时，主船长技能生效；船长为副船长时，副船长技能生效。

技能玩法也因此得到扩展，可以更加自由的打造贸易船队和战斗船队。

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